A veces hay una reacción causal estricta con una enfermedad específica, como por ejemplo: pulmón de granjero, pulmón del criador de aves, pulmón de lavador de quesos... 

Los principales síntomas, en la mayor parte de los pacientes con enfermedad aguda, son la disnea (fatiga o dificultad respiratoria) y la tos seca, en ocasiones acompañado de síntomas pseudogripales (malestar, fiebre, dolores musculares...) que se presentan a las 4-10 horas tras exposiciones más o menos severas.

También es corriente observar en el análisis de sangre una leucocitosis periférica.

Los síntomas tienden a persistir de 12 a 24 horas.

El diagnóstico de AAE se basa en la presencia simultánea de varios de los siguientes criterios:

- Comprobar la exposición laboral (detectar el antígeno que lo causa)

- Aparición de síntomas respiratorios a las 4-10 horas después de la exposición.

- Comprobar la sensibilización (alergia): detectar anticuerpos o linfocitos sensibilizados (análisis)

- Alteraciones radiológicas (placa de tórax)

- Trastornos de la función pulmonar (por espirometría) o realizar una prueba de provocación con inhalación, que dé resultado positivo.

Hay personas con anticuerpos que tienen trastornos funcionales y sin síntomas respiratorios.